Laboratorium akuntansi dipimpin oleh kepala laboratorium dan dibantu oleh ketua bagian yang terdiri dari Bagian Riset dan Pengembangan, Bagian Layanan Praktikum dan Bagian Publikasi.
Berikut ini struktur organisasi laboratorium Akuntansi Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Trunojoyo Madura yaitu:
